居住在平地的生蕃被稱為平埔族或熟蕃，其居住的村落被稱為社，像荷蘭人所在的台江，就是西拉雅平埔族久居之地，上面有大大小小數十個社，其中最大的四個社為新港社、蕭壟社、麻豆社、目加溜灣社。
荷蘭人對平埔族採用武力與教化兩面手法，對不規順者以武力鎮壓，規順者則施以教化，像最早與荷蘭人結盟的就是新港社，對於反抗的麻豆社，荷蘭人則派兵鎮壓。1635年大員派兵475人加2000新港社戰士對麻豆社進行討伐，第一天麻豆社就損失260人，全村3000戶被夷為平地，最後被迫臣服並訂定了麻豆條約。
像盤據在台中縣南、彰化縣北，以及南投縣部分一帶的大肚社，勢力更為龐大。大肚番王為阿德狗讓，最盛時期多達27個村社，番王長期直接統轄之地則維持十五、十八個村社，雖然於1645年表示臣服，但對荷蘭人採敵視的態度，處於半獨立的狀態。除了以蕃制蕃，荷蘭人還以蕃制漢。像1652年的郭懷一之亂，荷蘭人驅使熟蕃攻擊漢人，被熟蕃殺害的漢人有4~5000人之多。
當鄭軍來台，許多熟蕃見風轉舵，馬上倒向鄭方。受荷蘭人教化最深，信徒最多的四社率先投靠國姓爺。他們撕去課本，砸爛村裡的學校與教堂，殺害滯留在村內的荷蘭牧師、教職員、士兵與眷屬。5月5日新港社、蕭壟社、麻豆社、哆囉嘓(東山)社、善化社等16位長老歸順國姓爺，《從征實錄》有云「各近社土番頭目，俱來迎附，如新善、開感等裏，藩令厚宴，並賜正副土官袍帽靴帶。繇(由)是南北路土社聞風歸附者接踵而至，各照例宴賜之。土社悉平，懷服。」這些長老村社之前都是荷蘭人最忠實的盟友。
但到了6~7月，鄭軍開始缺糧，遂派2萬人(往北1萬3~4，往南5~6000人)去南北各村社進行屯田。因糧食告急，鄭軍的集糧手段也粗暴了起來，此一收糧屯田措施最後引起某些南北村社的不滿，大肚社造反，鄭軍損失千人之多。《台灣外記》「張志、黃明縱管事楊高凌削土番，大肚番阿德狗讓殺高反。」後來鄭軍進行報復「成功令楊祖征之，祖與讓戰，中標槍死，其鋒甚熾，欲出援荷蘭，功復令黃安、陳瑞二鎮往征，安設伏誘戰,遂斬阿德狗讓；Darridaes 諸村以及至Taurinap諸村之民與九百名中國人作戰。」
荷蘭人走後，蕃人與明鄭的對抗勝於荷治時期蕃人與荷蘭人的對抗，因為蕃人的負擔變重了。除了每人平均負擔的贌金(註1)增加以外，蕃人也要繳人丁稅，另外還要負擔勞役，這在荷治時期是不存在的(註2)。1670年鄭軍部將劉國軒從南台灣到中部撫番，於大肚溪口附近上岸。當地的沙轆社不肯就撫，劉國軒揮兵猛攻，社番被殺者眾，餘者紛紛逃往它處。鄰近之大肚與水裡社番目睹鄭軍之殘酷，遂逃之一空。黃叔璥《番俗六考》記載：「沙轆番原有數百人，為最盛；後為劉國軒殺戮殆盡，只餘六人，潛匿海口」。
肚子決定腦袋。還有後勤吃緊的軍隊，軍紀是好不起來的。
註1:
當時荷蘭人並不直接向原住民村社的交易活動課稅，而是交給承包商經營。擁有徵稅權的商人，即可獨占村社內一切交易，惟每年須繳納一定稅額(贌金)給荷蘭人，其餘的收益才歸商人自己所有。此經營權是每年由承包商們競標所取得，一直延用到清朝。以1655年為例，鳳山8社平均每人負擔的贌金是0.14里爾，而1682年，平均每人負擔的贌金是1.71石(明鄭改徵米糧)，約為1.71里爾，負擔比以前更重。要注意的是，相比原住民的負擔變重，漢人的負擔反而是較為減輕的，應該說，兩者負擔的差距是變近了。
註2:
吳聰敏《贌社制度演變及其影響，1644-1737年》