崇禎二年（1629年）袁崇煥與內閣輔臣錢龍錫談到平遼事宜時，提及其欲誅殺毛文龍
由於毛文龍部僅占用明朝少量兵餉，卻總是給與後金大量傷亡，反觀東林黨支持的關寧軍
，一年花用20餘倍於東江鎮,不僅無法主動出擊，連後金攻擊所謂關寧錦防線中的任一城
池時，其他城池只能閉門自守。因此東林黨人工科給事中潘士聞、尚寶卿董茂忠上書彈
劾請撤毛文龍(東林黨支持的關寧軍不僅無戰功還彈劾請撤毛文龍)
兵部商議時，袁崇煥提議派遣官員至皮島管理兵餉核查銀錢帳用，而遭到毛文龍抵制，
因此招致袁崇煥不悅[125]。
崇禎二年一月，袁崇煥要求東江鎮的糧食必須由他來發送，並斷絕東江鎮的補給，並禁
止商船賣糧食給東江鎮，餓死東江鎮10餘萬人
並在同時賣糧食給投降後金的蒙古朵顏束不的部，讓後金得到大量糧食並進攻缺乏糧
食的東江鎮。逼迫毛文龍與他談判(餓死東江鎮10餘萬人只為逼迫毛文龍與他談判)
袁崇煥下獄後崇禎三年（1630年），經過半年多的審判，袁崇煥仍被以「通虜謀叛」
、「擅主和議」、「專戮大帥」的罪名遭判凌遲,也就是說袁崇煥是經過審判才被
遭判凌遲,此時已是魏忠賢就戮,也就是斬殺袁崇煥是東林黨的判決而非崇禎個人
之意.袁崇煥以尚方劍斬殺毛文龍後怕毛文龍的部下兵變，先祭拜了毛文龍的屍首
又拿出十萬兩白銀，分贈毛文龍下屬，並把原毛部分為四份分由毛承祿、徐敷奏、
劉興祚與陳繼盛率領[100]。
指責毛文龍不能收復失土，袁崇煥本人也不能復遼東寸土，總而言之，完全就是欲加
之罪，何患無辭
當時，崇禎帝對於袁崇煥以尚方寶劍殺死毛文龍，是非常不滿的
袁崇煥矯詔殺將，有大不敬之責
毛文龍死後，遼民對其懷念不已，「鐵山、皮島俱祠祀公[104]」，明朝金州衛地區也
有毛文龍墓留存，位於今大連市甘井子區大連灣鎮蘇家村的山坡上