我是重度ipad的使用者，工作條件和原po很像，一點心得分享
簡單說，看paper，一定ipad溫開水~說錯，是Endnote
我用13年版的MBA，也是安裝Endnote，這樣在ipad上給paper做的筆記記號，
都可以同步到MBA。或相反。
這樣做的好處是，離開辦公室的時候只要帶著Ipad, 到哪裡都可以繼續。
而且藉Ipad的閱讀經驗很好，看paper到煩之前眼睛還不會酸。
不過我不曉得Endnote對pen的支援度，如果有支援那就更讚。
ps. 更新到ios11之後Ipad的檔案存取更方便了，
通過Dropbox可以隨時隨地文書工作。