設定：
主觀上：皇帝本人很有意願（當然是假設，反正皇帝轉性了）這麼做
客觀上：皇權鞏固以後
也就是在縣一級，有縣衙門（行政，比如管錢糧）與縣法院（司法，比如管刑名）。
地檢署暫不獨立，相應職權歸給縣衙門。但是法院審判獨立不受縣衙門干預。
此外在法令上規定，法院也處理轄區內的行政訴訟，縣衙門必須服從司法判決。
如果推行這樣的制度，對吏治或人權而言，比原本歷史中的地方司法與行政合一的制度，
有正面作用嗎？

我覺得問題會出在那些正式的官沒有往下的執行力，最後一樣被同一群人把持，甚至表面上對抗的機制為了解決實際上超負荷的要求，會產生各種勾結妥協的潛規則。不過如果在開國時就有意識的創造兩種對抗的團體，輔以更合理的經濟規劃，對地方分權更大容許度，或許會看到些正面收益。

如果明清科舉分流為行政科與司法科 從人事上分流 不知可否多加起到行政-司法制衡的權力分立對吏治的好處?

明清時代地方的司法分立只有到省一級（提刑按察使），初期還有一個派出司法機關（道）管到下一級的府（數個府）

你沒有想到地方大姓，從漢到明清，基層管治模式都是官民合作得罪地方大姓的話，沒有人敢當你的師爺，甚至基層公務員都募不滿

西方會搞三權分立一點是，原本司法審判權落在地方貴族手上最終生殺大權並沒有獨攬於中央，而分離同樣也有助於中央統一管控，這是其中利益導向部分而中國皇權在收回生殺大權上成效較好，地方官掌初級司法也不威脅皇權統治而自從秦末後就不喜歡國家夫妻的大型公務機關，明朝這個問題更嚴重，連兵都基本不想給錢要他們自己養自己分割權力設置更多地方衙署，代表更多業務需要和更多預算明代要改很多才能有推動的可能真推動到能在鄉下設派出所，這國家穩定度就會驚人的高了

西方的司法權分立歷史比立法權晚英國當年是先有國會拿走立法與財政權，但王室為首的行政權依然掌握司法權

以專制統治而言 明清能作道德意志(第二)帝國那樣的司法-行政分立類似情況(不須全像 多多少少類似即可)嗎?這種對官員(原本縣令集錢糧與刑名權於一身)權力限制的走向 初步評估起來 對當地大族的利益沒有什麼明顯壞處加上建立行政訴訟制度的話 對縣令濫權侵犯當地豪族的違法行政措施 就有法治途徑解決 而非靠人治(誰靠山大)解決

我是覺得穿越者附體的角度有機會在朱元璋那代做到，但中間理論知識上要跨越的幅度很大，因為中央集權帝國的慣性就是覺得越集權越強大。