我參考下列PCDVD的文章後解決了，我的電腦上確定是由HiCOS智慧卡程式引起的
http://www.pcdvd.com.tw/showthread.php?t=1134192
我的解決供參考
1.終止程式和停止寫檔
打開Windows工作管理員，到"處理程序"頁，找到"TokenUtility.exe *32"這個，按"結束
處理程序"，然後我的隨身碟就會停止寫入"smart_io.crt"的動作。
2.取消開機執行
按"開始"，輸入"msconfig"，出現"系統設定"視窗，選擇"啟動"頁，找到"HiCOS PKI
Smart Card Token Utility"這個項目，把打勾取消，開機就不會被自動執行。
3.移除程式
到控制台新增移除程式，找到"HiCOS PKI Smart Card"，移除。
※ 引述《goodsnk (天天PO)》之銘言：
: 請問隨身碟出現奇怪的隱藏檔
: SMART_IO.CRD和.SMART_IO.CRD
: 刪掉又馬上會出現
: 這是隨身碟有問題嗎 ?
: 還是什麼問題呢？
: 謝謝喔