大家好，敝人因為離職面臨公司追討培訓違約金，
想在此詢問廣大鄉民們的意見：
還請各位提供意見與看法，謝謝！
事實經過：
105年9月，考取某國立科大產業碩士專班。
106年2月，與媒合廠商簽立1.勞動契約 2.產業碩士培訓合約書
*勞動契約時間：106年2月20起起雇用為不定期契約員工
*產業碩士專班培訓合約書：僅備註培訓期為106年2月1日至108年1月31止
勞動契約
https://imgur.com/a/yV97Tcb
產碩合約
https://imgur.com/a/QVjkqnD
https://imgur.com/a/CyxIado
106年2月，入職並入學
106年7月，公司遲發薪資(財務狀況出問題)
106年10月，從專案研發人員(契約內)因公司人手不足而派任其餘部門之業務(一人部門)
107年5月17日，存款不足情事，停止透過創櫃板之籌資資格
107年6月，公司遲發薪資(財務狀況出問題)
108年1月，取得畢業證書
108年2月，公司調薪，但未有正式內部公告轉正以及任何談及合約或續約之行為
108年11月22日，口頭請辭獲准，負責人口頭允諾妥善交接則無需究責產碩合約
108年12月13日，改口要照合約走，口頭講定金額賠償$196,838
108年12月13日，當晚8點，財務副總以賴私訊說算錯了，應為$253,078
108年12月16日，收到賠償合約書(尚未簽字)
賠償協議書
https://imgur.com/a/HRtpcoL
問題：
1. 公司以我為部門主管(但無實權)理由拒發加班費。任職期間也都無核發加班費。
但公司加班制度並不明確。財務副總也口頭告知，公司並無違法，
並可以我下班逗留公司為由反告我。在此情況下，若執行勞資協商，是否有幫助?
2. 學校招生簡章內，公司為一百人公司，組織有三位博士十二位碩士。但並非如此，
現今內部僅剩餘不到25人(包含七位移工)。是否有違反合約的可能?
3. 工作契約內容與實際不符。合約內我是專案工程師，不僅被調動職位，
服務的單位也不同。(老闆有說明，這是要讓我學習為由，公司並無不法)
4. 公司遇缺不補，人力嚴重不足。
5. 培訓合約書時間為106/2/1~108/1/31。
2/1後並未針對合約第五條而確認是否延續合約。
也未提供正式聘書與確認工作職務。
是否可以以此主張合約不成立?
先感謝各位幫 小妹 解惑或提出建議，如內容尚有不足，盼請提出需補充之處。
不論是否要走勞資協商或者上法院，也是給自己一個教訓。
再次感謝各位，不論任何意見，還請賜教。