事實經過：
去年3月份在一間台灣在大陸開的公司開始
工作
公司有幫我保勞健保所以適用於勞基法
跟公司簽了五年的合約
沒有合約金只有續約金
在這期間內離職的話就要賠償任職期間所有所得的一半
也就是每個月去掉一半的薪資
目前在中國常駐有一年多了
因跟公司主管個性不合及父親在台灣生病
需要有人去照顧
所以確定請辭回台灣去照顧父親
在公司任職的期間內加班沒有加班費
及工作時間已超過勞基法的規定
兩個禮拜總工作時數157小時
還有連續7天都在工作都沒有一天休息
我還必須配合輪大夜班 (簽合約時沒告知)
這些超時的工作我都有保存打卡紀錄
加班費是我離職後才願意付給我
目前跟公司溝通從原先違約金40萬降至20萬但這金額對我來說還是很高
原本我想各退一步我出5萬這樣
但對方不太能接受
後來我寄存證信函給公司說明公司已違反勞基法，聘約書無效
最後公司寄給我存證信函要我五天內要付40萬違約金不然要依法提出追訴...
因自己從來沒被別人告過所以自己還蠻怕的
問題：
1. 請問這種合約書已違反勞基法還算有效嗎？
2. 請問下一部我該怎麼做?
先感謝各位幫 小弟/小妹 解惑或提出建議，如內容尚有不足，盼請提出需補充之處。