以下有大量劇透，不想知道劇情的請立刻左轉。
正片剛開始五分鐘官方有放出影片我直接跳過，接下來是芙雷雅帶大家回到她出生的村落拜訪，在一串歡樂party劇情後敵方戰艦突然直接跳躍到大氣圈內開打。敵方憑藉謎之歌姬的力量加成戰機能力(全都是ghost)後把風之國跟Delta小隊打趴，甚至連風之國戰艦都打爆。在絕体絕命之時另一艘友軍戰艦突然出現帶著眾人逃跑。如同大家所猜測是咱們的馬克斯艦長跟艾基賽多參謀。
馬克斯帶著大家跑到以前ゼントラーディ的補給衛星避難，然後開始解說敵人背景：
敵人組織叫海姆達爾，領導是舊統合名將。以前因為一場導致部下喪生的事件對統合軍懷恨在心，後來跟イプシロン財團合作並運用夏蓉蘋果的虛擬偶像系統做出歌唱及ghost軍團。歌唱系統中心是以前從風之國遺跡偷來的風の歌い手基因。這件事還有牽扯到ハヤテ他爸。
統合軍一直以來都有一個幕後推手叫Lady M，而這個M就是埋梗埋很久的メガロード1。但メガロード1卡在空間的夾縫裡，所以敵人的目的是利用各地的遺跡系統造出超級跳躍(スーパーフォールド)現象，把メガロード1拉到正常空間後擊沉她。
中間一場模擬戰，馬克斯老當益壯開YF-29デュランダル屌打所有人XDD
因為敵人在マクロスギガシオン(馬克斯的戰艦)放了間諜，找到補給衛星地點後跑過來打人。女武神試圖用歌聲反擊但反而被歌唱系統複製資料後造出闇之女武神。
打到一半芙雷雅在這邊挺身而出用歌聲強化ハヤテ機體及個人能力，帶大家度過難關再次逃跑。
(我方利用相同的技術讓歌聲可以強化戰機)
可是這卻讓她的結晶化現象加速，生命值去掉一半只能躺在治療艙裡。
接下來是大決戰，馬克斯找了一群統合軍戰艦來幫忙。然後把艦長位置讓給阿拉德隊長後自己開飛機出去幫忙。
這邊的劇情有牽扯到馬克斯、阿拉德及米拉潔。
馬克斯其實一直不想當艦長，是統合軍缺人他才不得不當。但他心中一直認為自己只是個純粹的王牌飛行員。在最終決戰時他發現阿拉德有當艦長的指揮才能，他就把艦長位讓出自己回歸成飛行員。出場時還對米拉潔講了一句「我不是艦長，只是個天才！」XDDDD
因為阿拉德在間諜入侵時受傷無法出戰，他讓米拉潔當隊長。米拉潔很煩惱自己沒飛行員才能這件事，馬克斯也很清楚。然後決戰時發現她有著觀看全局的指揮能力，證明阿拉德的眼光沒錯。
決戰時本來女武神只打算四個人上場，但實在打不過對方。而芙雷雅也干冒生命危險，決心要以女武神的身份跟大家一起唱歌。因為戰力原本屈居劣勢，メガロード1有被叫出來，而且艦上有疑似早瀬未沙跟林明美的人影。(我只想罵幹你河森，不要一直吊我們老粉胃口XD)
但之後藉由芙雷雅及女武神的歌聲，戰局開始扭轉。最後唱的ALIVE～祈りの唄～所有風之國的人民都一起跟著一起唱，他們的ルン也都像開花般發光。甚至連闇之芙雷雅都被影響到跟著一起唱。至此戰局完全扭轉，ハヤテ也打進敵方艦橋，並發現歌唱系統裡面似乎有人。最後敵艦(バトルアストレア)雖然主炮發射，但幸好有其他友軍戰艦一起支援攻擊讓射擊軌道偏移，メガロード1才得以存活，然後又回到空間夾縫裡。
ハヤテ從歌唱系統裡救回來的是一個風之國女嬰，大概是當初被偷走的基因成長成的。
至此戰鬥雖然以勝利做結，但芙雷雅也氣力用盡，生命走到盡頭。我本來還想說一定會有方法救她，但沒有。她就真的死掉，成為マクロス史上第一個領便當的女主角。喜歡她的粉絲應該會崩潰吧。
片尾最後是ハヤテ在風之國把女嬰養大。幾年沒寫，不過看起來才兩三歲。坐在ハヤテ肩膀上跟他對話。女嬰的感覺很像芙雷雅，也可以說是他們兩人的孩子吧。他們原本在劇場版中已經互許終身，不過結局卻是殘酷的。
這次的劇場版應該就是把Δ的故事做一個完結。只是不知道之後還會不會有新作。幹你河森既然把メガロード1拉出來了就給我做外傳啊啊啊！

唉......

幹你河森 幹

三小…

蛤…

肥宅都會看到哭

幹你河森還我安康魚

淦你河森啊

幹你河森

雖然想說些什麼 但這次我閉嘴 R.I.P

啊不是說是換身體到女嬰上

還我安康魚對阿 所以換身體那是假劇透喔

哇，這劇情...挖很多坑啊！

ハヤテ還有把嬰兒帶給芙雷雅摸，設計成換身體的話也太邪惡了吧ww

這次河森做得很絕 這樣子女武神這團體會繼續活動嗎?

我個人是超級芙蕾雅粉，但我滿喜歡這結局的，雖然心中一直期待會不會有奇蹟，但還是能接受她的選擇，決戰結束後表演服隨著結晶化同時轉成白色婚紗，最後在疾風懷中離世真的很淒美

還有plus要素耶