畫樹 不是什麼機密啦
只不過要先轉成序列
光這個就有些事情要思考
像是transition transversion的差別
然後還有2-fold 4-fold non-fold三種位置要考慮
然後畫樹ㄚ
還要挑模型
這個模型很多種 老實說蠻難選的
很多人都亂選 會影響結果
然後我們這樣產生出來的序列
有一些常用的model不接受
因為分歧度太大
模型挑完還要選方法
這個方法也很多 有考慮synonymous nonsynonymous
也有考慮 number of difference
或者考慮 trans tranv 改變
之類的很多很多
然後分析完還要稍微看一下結果跟data是不是對的
再去修正model問題
當然要學也不是不行
反正這種好玩的東西 隨便選一下能跑就可以了啦
不過如果要把結果弄的比較可信的話
不是很簡單就能學會的事情
可以說是google也找不到資料的