可以試試看心智圖來做筆記，推薦使用XMind 這套軟體，
http://actsmind.com/blog/software/xmind3download
除了做讀書筆記之外也可以用做其他發想思考的筆記
http://www.playpcesor.com/2016/12/mind-map-tips.html?m=1
可以雲端同步
http://www.playpcesor.com/2016/07/xmind-xmind-cloud.html?m=1
也可以匯出到Evernote
http://www.playpcesor.com/2015/10/xmind-evernote.html?m=1
功能很多，或許能滿足您的需求，
一直轉電腦玩物的連結是因為我很喜歡他的文章，實用性極高。