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電影開頭就致敬當年崔妮蒂打電話被竊聽的橋段，
對話、服裝、動作都是那麼的似曾相識，
但透過旁觀的藍髮女解釋讓觀眾知道這是模擬場景，
目的是讓黑人史密斯探員，一個尼歐創造出來的虛擬程式人物覺醒，
讓他知道他其實是莫斐斯...他們要一起去拯救再次被母體控制的救世主。
而當年錫安大戰後應該為和平犧牲生命的尼歐，則被取代上一代造物主的"分析師"
用困難的技術跟崔妮蒂一起復活，再把他們擺進新母體中，
讓他們接近彼此，但保持一定的距離，以獲得最大的能量，
而機器城市也分裂成兩派互相戰爭，贏家"肅清"了反對者建立新母體，
戰後願意跟人類共處的機器、程式，就跟脫離錫安的一群人建立另一個城市"艾歐"，
裡面有高科技模擬的天空，程式從母體擷取技術協助種植出來的蔬果，
而這個城市的指揮官是當年的奈歐碧艦長，在錫安和機器城市之間取得平衡。
被放進新母體的尼歐，被長期偽裝成他的心理師的分析師用藍色藥丸控制，
變成了設計出駭客任務三部曲的遊戲設計師，以為那些前世的片段是他的幻覺，
直到他設計出來的角色變成穿著橘色西裝的莫斐斯出現在他眼前，
公司的老闆撿起手槍化身變了臉的史密斯，他才知道這一切都是假象，
吞下紅色藥丸，再次從培養艙中醒來，被救走前驚鴻一瞥發現了崔妮蒂，
但崔妮蒂同樣也被藍色藥丸控制，
以為自己在母體中是個喜歡重機、有了家庭的平凡女子蒂芬妮，
不讓她自行選擇就強行救出她會讓她崩潰，因此尼歐一行人進入母體打算去說服她，
但分析師技高一籌，從子彈時間中得到靈感，控制時間的快慢讓尼歐無法行動，
用崔妮蒂的生命來威脅尼歐，不乖乖回到母體，她就會死。
靠著當年的程式小女孩沙諦的計畫，最後尼歐進入母體與分析師談判，
要求讓崔妮蒂自己選擇要留下或脫離母體，否則我就拔插頭自殺，大家都沒好處。
想當然，最後崔妮蒂覺醒，選擇與尼歐攜手逃走，
分析師大怒，把母體的人都變成電腦人用來阻止他們，
電腦人大軍就像喪屍一樣攻擊，甚至群起高空彈跳當自殺炸彈想砸死他們，
最後千鈞一髮之際，崔妮蒂和尼歐在大樓邊緣一躍，看似即將墜落之時，
崔妮蒂一把抓住尼歐飄在空中，她也會飛了，就此逃離新母體，回到真實世界。
順利逃出母體後，他們回去找分析師，爆打他一頓，
分析師說人類就是不想離開母體，你們想像從前一樣說服人類是行不通的，
崔妮蒂跟尼歐告訴他，那我們就用新的方法，我們會自由改造母體，
放話完，兩個人就一起飛走...The End。
整部電影2小時半，相當冗長的時間內，講述的內容相對少得可憐，
除去大量致敬的畫面後，不管是武打或特效都沒有當年駭客任務的驚喜，
史密斯沒有雨果威明的壓迫感，雖然一直強調他跟尼歐的二元論，但非常影薄，
少數幾個前作回歸演出的角色之一，梅若賓基恩
像個流浪漢一樣出來碎念幾句就沒了，原本期待他會扮演更重要的角色，
或至少帶幾個像白髮雙胞胎的打手來場精彩的打戲，但也沒有，
分鏡混亂且破碎，除了情懷之外實在乏善可陳，似乎是想鋪墊續集，
片尾畫面原本以為會有什麼，但也只是小小幽默一下現在的社群網路生態。
整部電影不論是作為續作或想開創新局，力道都不足，
導致舊作粉絲或新觀眾，看完大概都很難產生共鳴，
如果不是看在基哥演出，這篇大概也會是給純粹負雷。