三木城主別所長治作為播磨國的有力豪族，早在天正3年（1575年）便曾參見織田信長表
示臣從（吉川家文書、信長公記）。但基於對織田信長委派負責中國征伐的羽柴秀吉在加
古川的軍議不滿（續日本史、別所記），加上織田家又攻擊妻子的娘家丹波國波多野氏，
因此別所長治接受毛利輝元的策反（豐鑑），在天正6年（1578年）2月，別所長治正式反
出織田家（信長公記），引7000至8000兵力守城（播州征伐記），播磨豪族三木通秋等亦
相繼呼應起事，從海路運送兵糧進入三木城，為阻止事態惡化，羽柴秀吉也在3月出兵反
制，而別所長治也在4月1日進攻織田方的公卿冷泉為純父子所在的嬉野城，殺死冷泉為純
父子(播磨鑑、冷泉系譜事蹟)，別所家內親織田的重臣別所重棟亦出奔投效羽柴秀吉（播
州征伐記）。
羽柴秀吉包圍三木城同時，他也分兵進攻別所長治的支持者跟家臣，在4月3日攻打野口城
，城將長井四郎左衛門不敵投降（ 別所記），但因為毛利輝元率大軍進攻尼子勝久所在
的上月城，羽柴秀吉被迫將主力軍移往跟織田信忠會合，與毛利軍對峙（信長公記）。
在上月城的戰況陷入膠著後，羽柴秀吉跟荒木村重在6月時將陣地轉移至書寫山，織田信
忠率領織田信包、織田信孝與丹羽長秀、林秀貞、細川藤孝、佐久間信盛共三萬兵馬轉往
攻打神吉城（別所記），織田信雄則轉往包圍志方城，羽柴秀吉也分出弟弟羽柴秀長進攻
但馬國，順利入主竹田城，為監視明石至高砂一帶的海路，織田信長也調配織田信澄跟萬
見重元進行監視（信長公記）。
7月15日，瀧川一益跟丹羽長秀以金堀眾跟大鐵砲攻入東郭，摧毀城池的塀、櫓，荒木村
重攻打西郭，最後城將神吉藤大夫透過佐久間信盛請降，織田軍拿下神吉城，神吉藤大夫
逃往志方成，神吉城交由羽柴秀吉鎮守（織田真記、信長公記）。神吉城失陷後，遭到織
田信雄跟細川藤孝包圍的志方城主櫛橋政伊在8月10日也表態降伏（細川家譜、播磨鑑）
，羽柴秀吉在三木城周遭廣建付城，加強對三木城的包圍（信長公記）。
同年10月，織田家重臣荒木村重忽然在有岡城舉兵叛變，讓毛利方可以通過海路由攝津國
的花隈城、丹生山城對三木城進行補給，為討伐荒木村重，織田信長調動大軍進入攝津國
攻打荒木方的城池，播磨豪族小寺政職也呼應荒木村重起事倒戈毛利方，羽柴秀吉也分出
部分兵力協助攻打荒木村重，但在織田軍完成對荒木村重的包圍後，信長又調遣佐久間信
盛、明智光秀、筒井順慶進入播磨協助包圍三木城的戰線，進行兵糧、鐵砲、彈藥的補充
和付城的增築（信長公記）。
天正7年（1579年）2月6日，別所長治組織2500兵馬出城襲擊羽柴秀吉軍，結果在平山合
戰中反被秀吉軍擊潰，陣亡武將35人，士兵780人，甚至別所長治親弟別所治定亦戰死（
別所記），羽柴秀吉隨即轉往進攻攝津丹生山城，趁風雨夜襲，拿下城池（別所記、總見
記），並燒毀供糧給三木城的明要寺，4月時織田信長也再度調遣前田利家、佐佐成政、
原長賴、金森長近、織田信澄、堀秀政、丹羽長秀、筒井順慶進入播磨助戰，強化增築包
圍三木城的付城，秀吉軍在5月時也拿下海藏寺砦（信長記）。別所方的高砂城主梶原景
行也受到黑田孝高勸誘，投降羽柴秀吉（高砂市史）。
但羽柴秀長在6月進攻淡河城時卻遭到城主淡河定範的激烈抵抗，並用母馬衝陣打亂秀長
軍，伺機殺去擊潰羽柴秀長，使羽柴秀吉短時間內沒法攻陷此城（別所記），但淡河定範
取勝後，認為難以應付秀吉軍下一回進攻，便放棄淡河城，率軍進入三木城協防（續日本
史）。9月時，宇喜多直家正式反叛毛利家投向織田家（信長公記），為切斷毛利軍對三
木城的輸送，羽柴秀吉又攔阻三木城跟魚住城的交通，監視三木城的付城總共建立三十多
座。別所長治鑑於三木城中兵糧漸少，跟毛利軍取得聯繫，趁著秀吉軍人數不多時，輸送
兵糧入城，因此毛利方以生石中務的大將經水路襲擊三木城西側的平田陣地，織田家臣谷
衛好奮戰身亡，別所家臣別所吉親也率軍3000齣城呼應，攻打秀吉軍陣地大村，而羽柴秀
吉也揮師反擊，順利擊破毛利、別所聯軍，別所甚大夫、別所三大夫、別所左近尉、三枝
小太郎、淡河定範等將領戰死，毛利軍陣亡800多人（別所記、信長公記）。
而三木城周遭的教海寺，也因為藉由美嚢川支流的脇川用竹筒裝米偷偷將順水流送入三木
城中，結果被羽柴軍發現，遭到秀吉下令燒毀。
天正8年（1580年）1月，羽柴秀吉持續進攻三木城的支城，在1月6日進攻別所長治親弟別
所友鎮守的宮上砦，1月11日攻打重臣別所吉親鎮守鷹尾山城，順利收攏對三木城的包圍
（信長公記），而三木城中因為糧食斷缺，也出現大量餓死者，秀吉遂派遣別所重棟在14
日與城中進行聯繫，別所長治與別所友之、別所吉親等一族自盡，換取城兵安全，開城投
降（播州征伐記）。