大方向的差異稍微講一下
台大財金系：
http://exp.management.ntu.edu.tw/Fin/課程特色/大學部必修科目表
會計、經濟、投資、財務管理...等財務與金融相關課程
台大國企系：
http://exp.management.ntu.edu.tw/IB/課程特色/大學部
管理、行銷、財務...等企業各部門的相關課程
簡單來說
財金系主攻財務相關課程，以後出路也大多是走金融業相關工作
國企系唸得就比較廣，以後出路也廣布各行各業與大企業(比較符合一般人"唸商"的印象)
大三大四要開始專攻自己有興趣的領域
如果對金融有興趣的話
財金當然是不二選擇
但如果沒什麼頭緒，想先唸個商試試看之後大三大四再做決定的話
那國企系可能就比較適合
或者
對數字比較有感覺的人適合唸財金
比較喜歡做報告、企劃、課後小組討論的人比較適合唸國企