事實經過：
原本任職於一家小型家族企業，從去年任職以來都是周休二日(見紅就休)
每天固定工作八小時，前些天口頭向主管請辭(之後也有寄email到公司信箱)
並提出想請特休，但老闆當時是說因為公司已經週休二日所以沒有特休
而且公司內規以往都沒有特休，後來我詢問過勞工局
得到回答是特休跟週休二日是兩回事，並轉達給老闆
結果老闆就說會給足7天特休
但卻用勞基法第30-1條跟我說公司是可以適用彈性工時的指定行業
公司其實是採用隔週休制度，去年讓我週休二日也沒要求補齊每週一到五每天各24分鐘的上班時數，(一年: 123天假)
反而比隔周休制度(一年: 110天假)，讓我多放了13天假
所以多放的假還要再扣薪
我有反應面試和人力銀行登載徵才時是載明週休二日
加上過去上班都沒被告知公司採隔週休制度，但老闆只是說因為他自認 這樣的"週休二日"優於"隔週休+7特休"所以就沒特別提起
問題：
因為是小公司完全沒有打卡紀錄可以備份，但我確定面試時的確是被告知公司週休二日
(可惜我沒有留當時人力銀行的資料或錄音TAT)
這一年來上班也沒有被告知公司是採隔周休制度，就一直休六日)
請問老闆現在才告知公司實際的工時制度(和我一直以來的上班工時不同)而要扣我假，這樣合法嗎?
假設不太合理，有哪些方法或是證據資料我可以先留存下來嗎?
因為正式離職還有一段時間，為了在公司好過一點我只能先息事寧人低調點>"<
離職後還能可以向勞工局申請調解(申訴)或檢舉嗎?
先感謝各位幫 小弟/小妹 幫忙解惑或提出建議，如內容尚有不足，盼請提出需補充之處。