第一次地中海戰爭結束後，各國相安無事了幾年，南歐聯盟中，
里昂和巴伐利亞的遷都工作相當順利，
經過幾次國際會議的協調，准許讓兩國加入各國的殖民競逐當中
分別在東南亞、馬達加斯加，以及南美的前印加帝國地區逐步建立一小片安身的殖民地
里昂的馬達加斯加及東南亞領土
巴伐利亞的南美領土
然而就在１６世紀將要邁入尾聲的時候，又有個意外插曲
巴伐利亞竟然與克里米亞因為一點細故打了起來，頓時落入下風
（實際上是巴伐玩家沒注意到克里米亞沒上線，本來想協議賺點數的，卻和ＡＩ真打了起
來）
西西里響應落入下風的巴伐利亞，加入了這場戰爭，局勢頓時扭轉
三方就在持續的戰爭中邁入了１７世紀
得意洋洋的西西里逞了一把威風
所幸雙方及時恢復理智，結束了這場無意義的戰爭
（克里米亞終於及時上線，雙方白和平）
然而西西里的舉動卻引起克里米亞的猜忌，於１６０９年將接壤省分賣給法國
各國又相安無事了十來年
中間發生過德國、摩洛哥、西西里、里昂、巴伐利亞試圖結盟反法
這樣的暗盤卻被法國探知，隨後昭告天下，反法聯盟還未成形就煙消雲散
小國聯合反抗大國的舉動失敗之後，很快又回到彼此競逐的局面
１６３１年，摩洛哥再度入侵里昂，西西里與巴伐利亞競相響應
這次，以西西里為主力的南歐聯盟，毫無懸念地將摩洛哥擊敗
龐大帝國摩洛哥的艦隊在地中海被盡數擊沉、
陸軍也在北非遭到西西里及里昂聯軍正面擊潰
摩洛哥王滿懷挫敗地遞出合約，里昂得以拿回之前失去的省份
西西里卻是白白拿到希臘地區的摩洛哥領土
里昂前後領土對比
西西里前後領土對比
然而摩洛哥與西西里兩國之間就此結下深仇大恨
第二次地中海戰爭結束了，但所有人都深刻體認到
第三次地中海戰爭必然會發生
同時，里昂狹盟友之助在歐洲地區反轉頹勢
也讓歐羅巴的合縱連橫，起了翻天覆地的變化……