可以先用Autorun檢查一下開機執行的程式
Autorun網址：http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb963902
你可以把可疑的程式勾勾去掉，然後重開機看看是否正常
看trace是.net的程式，如果找出來了建議你也把它設定為不要開機執行，因為.net的footprint相當大，你開機大概很慢吧
如果有防毒軟體的話，防毒軟體會攔截硬碟讀取，所以整體會更慢，但是主因不是防毒軟體，是.net的東西要從硬碟拿到記憶體很久。
看trace是Win7SP1所以如果上述方法找不出是什麼程式的話可以用xperf
一個參考的連結是 http://blogs.msdn.com/b/ntdebugging/archive/2008/04/03/windows-performance-toolkit-xperf.aspx
xperf是從Vista就有的工具，但是似乎除了微軟相關部門以外不多人知道它
很好用但是不好學，不是三言兩語說的完的...
基本概念就是下指令讓它開機執行，抓開機以後10分鐘或5分鐘之內所有CPU和硬碟的活動，然後判斷出是哪一隻程式。
希望有幫助。