給點建議試試看
當初2011~2012開始做NGS
主要的NCBI資料庫應該是這個http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/
加上當時的三大家(Illumina/Roche/AppliedBioSystems)
Illumina GA系列來說 8個lot原始檔案大概20G左右
Applied系列好像比較大(有到54G過)
兩大類運算(Assembly/Alignment)要看使用的軟體
bowtie或BWA算法我記得都滿快的
velvet也都在一天之內可以完成爬蟲類的Assembly
不過都是在Linux Server上完成的
(如果允許的話可以先做POC測試)
SAS則是現在工作上有POC過
不過也是在RHEL系統上使用
原始資料有上T
加上SAS的資料處理方法是建構在所謂的PDV
大型資料想要快一定要改IO啦
Mac上跑的話也許要注意一下
BTW
可以問一下研究項目Data Science是哪個研究所呀
方便的話站內信
很缺這個領域的人
謝謝
※ 引述《Neisseria (Neisseria)》之銘言：
: 想要分析資料的話，倒不必在筆電上打轉
: 跟教授談談看，能否在 server 上跑需要的分析
: 像我認識的同學，有人用 SAS 分析健保資料庫百萬人抽樣檔
: 原始資料就 200 多 GB 了，加上一些 SAS 的 table 哩哩扣扣
: 總共快要 1 TB 的資料量，基本上都是在外接硬碟裡面做
: 我自己在分析次世代分析的資料，資料量大概約 400 GB 左右
: 然後其中某一個指令，跑完一輪需要一週左右的時間
: 我是用自己的 Linux 工作站，不關機跑這些指令
: 筆電的特性應該不太能長時間不關機跑運算
: 我反而覺得，把 MBA 當成單純的 client
: 連到更能長時間運作的主機，或許是更好的選擇
: ※ 引述《strp (GlRoEvEeN)》之銘言：
: : 不好意思 我又來向各位請教了..
: : 這幾個禮拜找教授、找房、加上一些雜七雜八的事
: : 直到這兩天才有時間閒下來在意未來將購入的筆電
: : 本來已經很確定要購入MBPR 8G 256G了..
: : 但剛剛好死不死被我翻到MBPR螢幕鍍膜脫落的討論串
: : 因為小弟我是個相當龜毛的人..對這種事相當在意
: : 看到不管是討論串還是版上的MBPR都普遍存在這個問題
: : 再加上好像在台灣沒有直營店，導致蘋果對此事置之不理
: : 讓小弟對本來已經想好的決定有所卻步..
: : 不如說完全消火了...蘋果在搞什麼？
: : 心想..既然是47k的預算
: : 乾脆買MBA 8G 256GB，然後把CPU升到i7
: : 因為研究所是需要跑一些統計軟體的
: : 實在很怕時脈1.6的核心會無法應付
: : 當時想說既然都是47k加幾百塊就可以上MBPR就上去吧
: : 但Retina螢幕帶給我的歡樂 完全壓不過鍍膜脫落帶來的衝擊
: : 想請問版上升級i7後是否在效能上有顯著提升？
: : 最主要的癥結點就是怕在執行軟體的過程太操
: : 軟體是R跟SAS，會灌雙系統，之後會自學Swift
: : 研究項目是Data Science，要跑的數據量恐怕會相當龐大..
: : 還請版友們抽空回覆，感謝。