問題已解決，但還是想分享一下過程。
如果有人遇到相同問題也可以試試看。
今天加購行李時候，從mail行程表直接連結進入更改。
發生加購金額與未付金額不符合。
30KG→40KG 每件增加 1400円 兩件 2800円
加買明細http://imgur.com/p9dA1KD
未付金額居然是4300
但照著上面明細加總居然總金額沒錯....囧
打電話問客服以後，先確認雖然機場稅有調漲，但加購不會重計。
另外刷卡手續費也只收一次，加購行李不會加收。
客服無法回答為何未付金額會提高。
不過提出替代方案 直接電話加購，變成一件1600 X2 = 3200円 (是也比4300划算)
或是從澳洲捷星網頁進入重新加購看看(更換語系)。
當然先選擇後者試試，
從澳洲捷星網頁登入後 https://booknow.jetstar.com/retrievebooking.aspx
就很正常的以 2800円 結帳成功。
後來跟原本的收據比對明細，發現差別是在於從mail連結登入的畫面
把原始行李直接計算為 8000円 (但實際原本行李是5200円)
加總時候沒有加上原有的刷卡服務費 1300円 而是直接加上追加的2800円 - 原支付總額
所以產生了 1500円的價差。
簡單說就是mail行程表進入的追加畫面中重新累計部分
追加行李的 2800円 被算了兩次，然後沒算初次的刷卡服務費。
附上原本購買的收據 http://imgur.com/3CnyscL
在此提醒大家加買的時候要小心啊 !!!
加買是不會重算機場稅，也不會再收一次刷卡服務費的。
ps-澳洲捷星網頁連結 輸入訂單單號與MAIL進入後，跟直接點選MAIL行程表進入後的畫面
雖都是日文但版面完全不同啊!