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中國科學院
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最新研究顯示﹕新冠病毒發源地並非武漢華南海鮮市場 11月下旬或已人傳人
今天﹐一家媒體發布的消息引起了大家的關注﹕中科院西雙版納熱帶植物園發表論文
﹐認為新冠肺炎病毒並非來源於華南海鮮市場。
2019年12月在湖北武漢爆發了一種新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）所致的肺炎（現稱COVID
-19）﹐新型冠狀病毒爆發已兩個多月﹐確定華南海鮮市場是不是唯一的發源地﹐對
於尋找病毒的來源﹐以及確定中間宿主﹐對疫情的控制和避免再次爆發具有至關重要
的意義。中國科學院西雙版納熱帶植物園聯合華南農業大學和北京腦科中心的科研人
員一起收集了全世界各領域共享到GISAID EpiFluTM數據庫中覆蓋了四大洲12個國家
的93個新型冠狀病毒樣本的基因組數據（截止2月12日）﹐通過全基因組數據解析﹐
追溯傳染源及擴散路徑。
圖1. 新型冠狀病毒58種單倍型的演化關系和地理分布格局（A﹐B）﹐單倍型之間的
可能演化關系（C）﹐以及新型冠狀病毒的可能傳播和擴散路線(D)。A和B圓圈中的數
據是樣本數量。
研究發現﹐收到的93個樣本包含58種單倍型﹐可以歸納為五組（圖1）﹐包括3個古老
超級傳播者單倍型（H1,H3和H13）和2個新的超級傳播者單倍型（H56和mv2）﹔華南
海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來﹐在市場中發生快速傳播蔓延到市場
之外﹔同時﹐現擴散的病例至少來自於3個途經。新型冠狀病毒在2月12日之前發生過
2次明顯的種群擴張（分別是12月8日和1月6日）。
華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入的
基於120個變異位點得到58種單倍型（基因類型）﹐單倍型演化關系顯示﹐單倍型H13
和H38是比較“古老的”單倍型﹐通過一個中間載體（mv1﹐可能是一個祖先單倍型﹐
可能是來自中間宿主或者“零號病人”）與蝙蝠冠狀病毒RaTG13關聯﹐並通過單倍型
H3衍生出了單倍型H1。與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是H1及其衍生的單
倍型H2﹐H8-H12（圖1,A）﹐而一份武漢樣品單倍型H3與華南海鮮市場無關。可見﹐
華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來﹐在市場中發生快速傳播蔓延到
市場之外。另外﹐根據病患發病時間記錄和種群擴張時間推斷﹐也印証了華南海鮮市
場不是病毒發源地的推論。
對“古老的”單倍型H13和H38的病毒樣品溯源發現分別是來自深圳的病患（廣東首例
）和美國華盛頓州的病患（美國首例）。他們的旅行記錄表明應該都是2019年12月底
至2020年1月初在武漢探親期間被感染的。現有武漢樣本中沒有檢測到H13和H38單倍
型﹐可能是因為現有樣品主要采自幾家定點醫院﹐而且樣品采集時間局限於2019年12
月24日和2020年1月5日。如果能在武漢其他醫院早期的病患檢測到這兩種單倍型﹐將
對於尋找病毒來源非常有幫助。
新型冠狀病毒在2月12日之前發生過2次明顯的種群擴張
圖2. 新型冠狀病毒單倍型的樣品采集時間情況。紅色圈的樣品是確認與華南海鮮市
場有關﹔藍色圈的樣本確認與海鮮市場無關。
根據新型冠狀病毒基因組數據推算1月之前的種群擴張發生時間是12月8日﹐該結果暗
示病毒可能在12月初﹐甚至11月下旬即已經開始有人際傳播﹐隨後在華南海鮮市場加
快了人際傳播（圖2）。研究推算2月份之前的種群擴張時間在1月6日﹐這個可能與元
旦假期有關聯。需要指出﹐這一天國家疾控中心發布了2級應急響應。當時的預警起
到了一些警示作用﹐公眾活動和出行都有所減少。如果當時的警示能引起大眾更廣泛
的重視﹐那麼1月份中下旬向全國和全球蔓延的病例會有所降低。研究人員進一步確
認我國其他9個省區和其他11個國家的感染病例基本都是從武漢直接或者間接輸入而
來。
現擴散的病例至少來自於3個途徑
為了能夠細分來源﹐研究人員將58種單倍型分成了五組（圖1）﹐采用標準是3個中心
（古老超級傳播者）單倍型（H1,H3和H13）和2個新的超級傳播者單倍型（H56和mv2
）。以此鑒別出廣東的病毒可能有三個來源﹐重慶和台灣的病毒有兩個來源。其中﹐
廣東深圳一家人在早期就通過人傳人進行了傳播。有較多樣本的澳大利亞、法國、日
本和美國﹐他們的患者感染源至少有兩個﹐尤其是美國包括了五個來源。非常值得關
注的是H56這個超級傳播者單倍型﹐它同時是澳大利亞、法國和美國﹐以及我國台灣
患者的傳染源。其他國家患者因為樣品比較少﹐大多數的來源比較單一﹐他們除了是
武漢旅遊輸入或在武漢感染外﹐有一些人可能是在廣東、新加坡等地被感染。
新型冠狀病毒基因組尚未發生重組事件
圖3. 120個變異位點在8個編碼區的分布情況。統計類型包括替換或替代（左上角）
﹐密碼子位置1-3（右上角）﹐同義突變或非同義突變（左下角）﹐和氨基酸性質（
右下角）。
研究人員發現新型冠狀病毒基因組沒有發生重組事件﹐93個基因組之間有120核□酸
發生了突變（0.41%序列長度）﹐並均勻分散在10個編碼區（χ2=1.958, df=9, P=0
.99）。120個突變的核□酸關聯了119個氨基酸密碼子﹐其中79個密碼子 (65.83%)改
變了氨基酸類型﹐並有42個(53.17%)氨基酸理化性質都被改變（圖3）。這些氨基酸
類型以及理化性質改變是否會影響新型冠狀病毒的活性暫不清楚﹐需要其他蛋白組學
和結構生物學方面的專業人士進行驗証。本研究是版納植物園綜合保護中心生物多樣
性研究組的科研人員利用其在系統與演化領域的專長開展的﹐本研究提到單倍型演化
關系分析方法可以結合到傳染病學研究中﹐對於尋找傳染源﹐以及精確的傳播和擴散
方向能提供非常重要的信息。
本研究是版納植物園綜合保護中心生物多樣性研究組的科研人員利用其在系統與演化
領域的專長開展的﹐本研究提到單倍型演化關系分析方法可以結合到傳染病學研究中
﹐對於尋找傳染源﹐以及精確的傳播和擴散方向能提供非常重要的信息。中科院科技
論文預印平台（Chinaxiv）查詢到該論文已在該平台刊登。論文通訊作者為中國科學
院西雙版納熱帶植物園標本與種質保存中心主任副研究員鬱文彬。 相關研究結果已
提交到中國科學院科技論文預發布平台http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
﹐可供疾控防疫相關部門參考﹐並接受專家學者的交流和討論。
從朋友圈、微信群的反映來看﹐此事顯然引發了很多人的重視──這其中不僅涉及病
毒源頭的確認問題﹐對現有防控工作也有重大意義。
鑒於事情的重要性和敏感性﹐為讓讀者更準確、全面地了解此事﹐找出了這篇論文﹐
進行了梳理和分析。
這篇論文的要點如下﹕
一、華南海鮮市場的新冠病毒是由其他地方傳入的
研究發現﹐從基因單倍型演化關系來看﹐與華南海鮮市場有關聯的患者樣本為單倍型
H1及其衍生類型﹐而另有武漢患者樣本為單倍型H3﹐雙方應互無交叉﹐而是來自同一
個傳染源頭。
此外﹐從一例深圳患者和一例美國患者的樣本來看﹐他們感染的病毒基因單倍體處於
華南海鮮市場樣本的“上遊”（此處為基因類型的上遊﹐而非感染時間更早）。兩人
都是在2019年12月底至1月初在武漢探親時感染的。從這一跡象分析﹐當時在武漢傳
播的病毒基因單倍體已經有多種類型﹐來自海鮮市場的樣本為其中一種。
二、新冠病毒曾出現過兩次明顯種群擴張
根據研究樣本中的新冠病毒基因組數據推算﹐12月8日和1月6日﹐新冠病毒基因曾有
過兩次明顯的種群擴張。論文認為﹐如12月8日的這次擴張確實存在﹐則可在一定程
度上能夠証實該病毒在12月初甚至11月下旬就已經開始人際傳播。
三、僅就論文研究的病毒樣本來看﹐感染病例基本是直接或間接由武漢輸入的
論文認為﹐從其研究的來自湖北以外9個省區和11個國家的樣本基因來看﹐“基本都
是由武漢直接或間接輸入而來的”。此處需說明的是﹐該論文研究的樣本數量相對有
限。
四、新冠病毒尚未出現基因重組情況
根據對論文研究樣本的分析﹐新冠病毒尚未出現基因重組情況。
1、這是一篇提交於中科院科技論文預發布平台的論文﹐還需要經過後續的學術評議
過程。目前更多應將其作為當事科研團隊的研究結論﹐而非“定論”。
2、這篇論文研究的主題很重要﹐但如前所述﹐其樣本數偏少。論文自述研究了93個
新冠病毒樣本﹐來自12個國家﹐其中武漢樣品來自於幾家定點醫院﹐采集時間集中在
2019年12月24日和2020年1月5日。這種樣本數、采集時間的局限性﹐也會對論文的結
論產生一定影響。對於這一點﹐論文自身也有說明。
3、如果研究過程可靠﹐那麼這篇論文確實能夠証明﹐從基因單倍體的衍生關系上來
看﹐華南海鮮市場並非目前正在傳染的新冠病毒的“始發地”。
但是﹐從邏輯上說﹐不排除一種可能性﹐即﹕感染者在華南海鮮市場的活動﹐使這裡
成為“主要暴發地”。對此﹐必須有更大范圍的樣本、更深入的研究﹐才能夠下結論
。
（來源﹕中科院西雙版納熱帶植物園網站 參考消息）
4.附註、心得、想法︰
美國有所有5種單倍型來源﹐湖北2種﹐廣東3種﹐台灣2種其中H56型大陸沒有