菲律賓未在期限內完全答應四項要求，馬政府於5月15日上午啟動第一波「三項反制」
一、提出終止菲律賓外勞來台之申請。
二、召回中華民國駐菲律賓代表。
三、要求菲律賓駐臺代表返回菲律賓繼續處理本案。
馬政府認為菲國政府、誠意不夠、反覆不定，因此於15日晚間啟動第二波反制措施。
一、將菲律賓之旅遊燈號轉為「紅色」，不鼓勵台灣人民至菲律賓旅遊及洽公。
二、停止台菲雙方高層交流及互動，包含WHO兩國部長級會議。
三、停止台菲經貿交流、推廣以及招商活動。
四、停止台菲農漁業合作事項。
五、停止雙方科技研究交流與合作計畫，中華民國國科會停止5項臺菲合作計畫。
六、停止台菲航權談判。
七、停止菲籍人士適用「東南亞五國人民來臺先行上網查核」免簽證措施。
八、中華民國國防部與海岸巡防署在南海相關海域進行海上聯合操演。