前總統陳水扁9年前坦承「曾經做了法律所不許可的事」，但迄今卻不「認罪」，應否特赦也引發極大爭辯。民進黨立委蔡易餘表示，司法偵審扁案充滿「程序不正義」，總統特赦扁是避免社會對立的最好方式。但前立委林濁水表示，扁若堅不認罪，那就應由民進黨先論定扁的功過，再來談特赦。
總統雖有特赦權，但前提要是判決定讞案件，由於陳水扁尚有部分案件還未確定，蔡易餘已提案修正「赦免法」，增訂總統的赦免，也可對受罪刑宣告之人免除其追訴權，不用犯罪確定也能被赦免，「總統的憲法權力，不應被法律綁死」。
但反對特赦陳水扁的人主張，如果扁自認無罪，何須總統特赦？蔡易餘表示，特赦是總統的刑事赦免權，總統站在政治的最高立場，只要認為行使特赦權可以解決社會嚴重對立，就可行使這項權力，特赦並無附設「認罪」的要件。
他直言，扁案「被國家機器搞壞了」，就算全部判決確定，也是「一半的人相信、一半的人不信」，要解決這個問題，就必須「總統發揮智慧來處理」。
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