北投站軌道配置圖 http://i.imgur.com/wUAHP3w.png
新北投支線，該線在興建淡水線時就一併規劃，原本是主線命，
有兩座月台且可容納六節車廂。不過因為軌道與民宅過近，而降為支線且減班。
曾經該線在早上七點前和晚間九點後還直接停駛改以公車接駁。
不過新北投支線在北投站可是有獨立月台和軌道，
完全不會影響淡水信義線列車營運和調度。
至於部分列車怎麼只開到北投就停，當然也跟新北投支線無關，
這樣作法是區間車營運模式，往南也只開到大安。
春節時為應付關渡和淡水人潮，往北投區間車也都會開到淡水站運輸。
新北投支線是否有一天會成為主線終點站也說不定，
不過支線營運代表列車也獨立行駛，因此發展出新北投溫泉列車，
也算是另一種特色吧。
七張站軌道配置圖 http://i.imgur.com/StUeqp7.png
小碧潭支線，該線是在新店線蓋好後才冒出來的，
所以本是支線命，小碧潭站僅一座月台且只能停靠三節車廂。
除此之外還佔用七張站的月台和軌道，
每隔一陣子就會吵區間車只到台電大樓站的議題，
而元兇就指向小碧潭站因佔用袋狀軌導致區間車無法延駛到大坪林站。
以至於包含公館站以南乘客聽到「二月台列車往台電大樓」就一肚子火。
不過捷運公司還是在尖峰時穿插往新店列車，所以看時刻表會發現，
就算是公館站也一樣有三分鐘班距，而不是永遠六分鐘以上的悲劇。
而小碧潭支線一方面佔用軌道和月台，另一方面就運量真的太低，
讓有些人覺得就算廢站也不會感到可惜。