我工作跟幼兒教學相關。
直接說結論，幼兒園這個年紀，只要不會常常和同學起衝突，就已經是好的了。拒絕別人一起玩對他們來說是稀鬆平常的事情，因為幼兒玩具通常就是多一個人拿就少一份可以玩的，所以他們很自然會不想要有其他人來分。
另外一方面，你也提到是班上最小的，這確實也有影響。不過不用太擔心，順其自然就好，不需要用國小以上的人際關係去看待幼兒園幼兒的人際。
※ 引述《alexangel (小珍珠加油)》之銘言：
: 兒子8月開學到現在3個月。
: 還滿喜歡上學，每天接他也都笑咪咪。
: 一直到上禮拜睡前才聽他說，
: 自由玩耍時間，他常常想加入同學一起玩。
: 他們班規矩是，如果同學已經在玩某樣遊戲。
: 也想玩的話，得先問：請問可以一起玩嗎？
: 他說每次都被同學拒絕，他很難過。
: 但是接送的時候，同學會和他打招呼，
: 彼此會說話，手牽手上下樓。
: 沒有不理他。
: 老師也說，兒子行為沒有問題，
: 但是玩的方式可能還在磨合，
: 因為我兒子是新生，又是班上最小的。
: 他們同學都從幼幼班一起玩到現在。
: 不過他每天都會說，今天又被同學拒絕了。
: 他只能自己畫畫送給媽媽。
: （所以我每天都會收到一張畫）
: 而老師傳的照片，在上課或活動的時候，
: 兒子都是開心的，看不出來被孤立。
: 只有在自由活動的時間，他的確都是自己玩。
: 今天他鼓起勇氣問同學可不可以一起玩軌道，
: 同學沒拒絕，但三個都不理他。
: 可能老師有看到，老師和他說：你就加入吧！
: 想請問大家，這種被拒絕的狀況常見嗎？
: 我擔心是不是有什麼問題老師沒有發現。
: 又該怎麼引導他比較好呢？
: 有沒有什麼方法幫助他？
: 或是順其自然讓他和同學去磨合就好。
: 而當孩子遇到這種狀況，
: 大家又是怎麼安慰他，
: 讓孩子不要那麼傷心呢？
: 謝謝大家