先說結論：主要就是噴射氣流的影響
噴射氣流的特性基本是
1. 冬天比夏天強
2. 以北半球來說，夏天噴射氣流在北方，冬天則會南移
3. 全年由西向東吹
4. 赤道附近全年都是幾乎無風的
臺灣到日本的區間整年噴射氣流都滿強的，冬天甚至會有接近200節的風速，
而且台日其實也不是往正南或正北飛，所以受噴射氣流影響滿大的，
以平均頭風或尾風60節來算好了，飛東京大約是1300NM，
一般平均平飛的空速大約是.82馬赫(不同機型不一樣)，就算他470NM/HR好了，
台灣往日本飛是順風，所以速度變470+60=530，1300/530=2.45，約需2:27
日本往台灣飛是逆風，所以速度變470-60=410，1300/410=3.17，約需3:10
當然這算的有點粗糙，因為沒有細算起飛和降落階段，
但就可以發現才60節的正頭風就有這麼大的影響。
而你提到來回沒有時間差的部份，大多都是往赤道飛或穿過赤道，
所以受風的影響就不像飛歐洲、北美或日本這麼大
希望以上有回答到你的問題